При очистке бытовых сточных вод мембранные биореакторы могут производить «серые» воды достаточно высокого качества для того, чтобы их можно было сбросить в естественные водоемы или же использовать в системе орошения, предназначенной для полива городских зеленых насаждений. Другие преимущества, которые отличают системы очистки с использованием мембранных биореакторов: компактный размер, поэтому их легко можно применить при модернизации старых очистных сооружений; возможность работы систем мембранных биореакторов при более высокой концентрации активного ила, а также, благодаря особенностям фильтрации с помощью мембран, исключить вынос активного ила в очищенные воды позволили добиться уменьшения объема биореактора без снижения его производительности.

Maishiy oqava suvlarni tozalashda membrana bioreaktorlari tabiiy suv havzalariga tashlanishi yoki shahar yashil maydonlarini sug'orish uchun mo'ljallangan sug'orish tizimida ishlatilishi uchun etarlicha yuqori sifatli "kulrang" suv ishlab chiqarishi mumkin. Membran bioreaktorlari yordamida tozalash tizimlarini ajratib turadigan boshqa afzalliklar ixcham o'lcham, shuning uchun ularni eski tozalash inshootlarini yangilashda osongina qo'llash mumkin; membrana bioreaktorlari tizimlarining faol loyning yuqori konsentratsiyasida ishlashi, shuningdek membranalar yordamida filtrlash xususiyatlari tufayli faol loyni tozalangan suvga olib chiqishni istisno qilish bioreaktor hajmini uning ishlashini pasaytirmasdan kamaytirishga imkon berdi.